Вы можете разделять и объединять PDF-файлы, используя iText. Это означает, что вам нужно разделить ваш оригинальный документ на три части и оставить только среднюю (обязательную) часть. Вы также можете удалять и добавлять объекты. Это означает, что вы можете найти объект нижнего колонтитула, удалить его и добавить новый объект на его место. Я не думаю, что вы сможете изменить формат. Если только вы не можете создать новый документ в целевом формате и скопировать объекты из источника в новый документ. Стоит попробовать.