Единственный инструмент с открытым исходным кодом, который я знаю, это opendbcopy , который я использую для миграции с сервера базы данных на другой, а также для работы аналогичного типа, которую вы хотите выполнить с SQLite, но сделал это с PostgreSQL.
Однако opendbcopy совместим с JDBC и может подключаться к любой базе данных, в которой есть драйвер JDBC, так что вы можете попробовать, даже если схема не совпадает, вы можете использовать функцию сопоставления столбцов:

Кроме того, я знаю также хорошую коммерческую альтернативу (которая проще в использовании) - ESF Database Migration Toolkit .