Я работал только с NUnit и той же версией Microsoft. На мой взгляд, они больше похожи, чем они разные. Однако, в зависимости от настроек вашего проекта, существует ряд финансовых соображений, которые могут иметь значение.
Среда тестирования Microsoft недоступна в их менее дорогих / бесплатных SKU, но как только вы заплатите за весь пакет (который я знаю, что это не недорого), вы получаете модульное тестирование, тестовый запуск и покрытие кода в одном пакет, что очень удобно.
Если вы переключитесь на NUnit, вам придется либо отказаться от интеграции VS, либо получить тестовый прогон, такой как TestDriven.NET или Resharper. Когда я посмотрел на них, им обоим потребовались лицензии для коммерческого использования. То есть стоимость за разработчика увеличивается. Кроме того, эти инструменты не имеют покрытия кода, поэтому вы должны получить что-то вроде NCover. Опять же, это несло лицензию для коммерческого использования, когда я проверял.
По общему признанию, прошло много времени с тех пор, как я изучал этот вопрос, поэтому лицензирование могло измениться, но дополнительные затраты на одного разработчика были одной из причин, по которым мы решили использовать решение Microsoft. Может случиться так, что VS Express плюс другие инструменты дешевле, чем VS Team Foundation, но так как нам все равно пришлось использовать VS TF, это нам мало что дало.
Если вы работаете с открытыми / некоммерческими проектами, я думаю, вы сможете получить бесплатные версии.