Вы попытались передать аргумент stderr = subprocess.PIPE, как показано ниже:
self.rsyncRun = subprocess.Popen(["rsync","--bwlimit="+upload,"--stats","--progress","-azvv","-e","ssh",local,remotedir,"--log-file="+rsynclog], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
РЕДАКТИРОВАТЬ: Вам придется читать из self.rsyncRun.stderr вместо self.rsyncRun.stdout.
EDIT2: более полный пример кода выглядит так:
self.rsyncRun = subprocess.Popen(["rsync","--bwlimit="+upload,"--stats","--progress","-azvv","-e","ssh",local,remotedir,"--log-file="+rsynclog], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
outData, errData = self.rsyncRun.communicate() # this will return the data read from stdout, and stderr
Затем вы можете проверить outData и errData, чтобы увидеть, печатается ли там прогресс. Конечно, connect () не вернется, пока процесс не завершится, поэтому, если вы хотите распечатать какой-то прогресс, это не сработает.