Это зависит от того, должны ли эти приложения обмениваться данными или нет. Если это так, то лучше иметь одну базу данных за ними. Если нет, то лучше разделить их, чтобы в будущем у вас была свобода перемещать (изолировать) приложения еще больше.
Подумайте, как будут использоваться ваши приложения. Потому что, когда у вас есть одна база данных и, например, одна таблица для клиентов, вы можете столкнуться с проблемами блокировки, когда несколько приложений обращаются к одной и той же таблице.