Конечно, да, можно написать консольное приложение для Windows, используя PHP.Или любой другой язык, если на то пошло.
Однако, если вы хотите «собрать большую библиотеку», я предлагаю вместо этого написать полезный набор библиотек.В этом случае я бы рассматривал «приложение консоли Windows» как средство запуска тестов, чтобы выполнять ваши тесты, которые гарантируют, что ваша «большая библиотека» работает как задумано.