Всегда есть один синглтон на одну JVM. Если в вашем приложении запущено больше потоков, они используют один и тот же экземпляр Singleton.
Если нет, то покажите нам свой код и как вы используете свой синглтон.
Если вы используете приложение Java Swing (или что-то подобное), я сомневаюсь, что существует более одного экземпляра вашего Singleton.
Если вы выполняете это в среде сервлетов ... да, у вас может быть больше экземпляров. Если это так, избавьтесь от паттерна синглтона (вы должны найти другое решение).
Все еще не уверены? Пожалуйста, прочитайте это: http://java.sun.com/developer/technicalArticles/Programming/singletons/