У меня была такая же проблема, и ее решили следующие:
Перейти в меню Run->Debug Configurations... и откроется диалоговое окно. Слева должно быть выбрано название вашего проекта (скажем, MyProject ) под C/C++ Application. Если нет, выберите его. Затем на правой стороне выберите вкладку main и убедитесь, что в текстовом поле под C/C++ Application указано: Debug / MyProject . Также убедитесь, что Debug выбран в раскрывающемся списке рядом с Build Configuration: ниже.
В моем случае вместо Debug / MyProject это был Release / MyProject . Я так и не понял почему. Во всяком случае ...
Надеюсь, это поможет