Вам нужно будет декодировать и перекодировать (= перекодировать) файл, чтобы сделать это.Тем самым вы будете снижать качество, поскольку работаете с уже сжатой базой.
Один из способов сделать это, если вам нужен высокий уровень контроля, - это обертка DirectShow для C #, т.е. DirectShow.NET .тогда вам просто нужно определить простой граф транскодирования.
На самом деле самый простой способ сделать это - Expression Encoder (преемник Windows Media Encoder), который имеет простой управляемый API и долженвыполнять работу с гораздо меньшими усилиями, чем интеграция DirectShow.
Сводная статья здесь .Простое задание на перекодирование выглядит следующим образом (пример из статьи, изменены только предустановки):
MediaItem src = new MediaItem
(@"C:\WMdownloads\AdrenalineRush.wmv");
Job job = new Job();
job.MediaItems.Add(src);
job.ApplyPreset(Presets.VC1WindowsMobile);
job.OutputDirectory = @"C:\EncodedFiles";
job.Encode();