Чтобы расширить ответ от @ Andrie,
mydata <- matrix(c(rep("A", 8), rep("B", 2), rep(NA, 2), rep("A", 4),
rep(c("B", "A", "A", "A"), 2), rep("A", 4)), ncol = 4, byrow = TRUE)
myFun <- function(x) {
data.frame(n.A = sum(x == "A", na.rm = TRUE), n.B = sum(x == "B",
na.rm = TRUE), n.NA = sum(is.na(x)))
}
apply(mydata, 2, myFun)