Прежде всего, вам нужен сервис на удаленной машине, который обслуживает файлы.Как только служба, обслуживающая файлы, существует, вы обмениваетесь данными со службой, используя ее протокол.
Предполагая модель клиент-сервер , у вас есть несколько вариантов на удаленной (серверной) стороне.Прежде всего, вы можете спроектировать свой собственный протокол, написать сервер, развернуть его на удаленном компьютере и написать клиент (на Java), который будет взаимодействовать с сервером, используя разработанный протокол.Однако существует множество готовых решений (протоколы + серверы + клиентские библиотеки Java).Три протокола, которые приходят на ум прямо сейчас: TFTP , FTP и SMB .
Если ваша цель проста, я рекомендую TFTP: естьявляются бесплатными TFTP-серверами для UNIX, Windows и Mac OS X, а на стороне клиента есть Apache Commons Net библиотека Java.