Элемент является хорошим решением, если у вас есть доступ к machine.config вашего сервера, на котором размещены только производственные приложения.
Обычно я изменяю файл web.config при создании развернутых файлов в рамках процесса автоматической сборки. Например, проекты веб-развертывания могут выполнять замену раздела web.config. Есть ряд причин, по которым мне не нравятся проекты веб-развертывания, и я склонен делать это с помощью простого файла VBS, который изменяет файл с помощью MSXML.