Предполагая, что вы хотите, чтобы определенные значения в переменных JavaScript сохранялись между загрузками страниц, вы можете либо сделать то, что предложил Damovisa, либо просто использовать скрытое поле для хранения значений стека в некоторой форме. Может быть строка с разделителями-запятыми или что-то в этом роде.
Преимущество очевидно. Ваша программа не будет зависеть от того, в браузере клиента включены файлы cookie.
В качестве альтернативы, если это возможно, вы можете сохранить свой стек в некоторой серверной переменной и затем динамически вставить это значение в код JavaScript при визуализации страницы.
Будет очень полезно, если вы расскажете нам больше о вашей программе.
Если вы хотите, чтобы значения переменных PHP отражались в вашем коде JavaScript, вставьте теги PHP в свой код JavaScript.
Например:
<script>
var str = "<?php echo $my_str; ?>";
//Do something with str
</script>
Обязательно включите кавычки ("), иначе значение в строке будет считаться токеном JavaScript и может вызвать ошибку.