Что это за хранилище? Subversion? Git?
Интеграция SCM в XCode отлично подходит для проверки файлов и внесения изменений, не покидая IDE, но вряд ли это полноценный интерфейс GUI для svn или git. Может быть возможно исправить вашу ошибку, добавив файл обратно в проект, а затем удалив его в XCode таким образом, что XCode удалит его из хранилища для вас, но простое решение состоит в том, чтобы просто удалить файл из хранилища. самостоятельно, используя соответствующую команду управления версиями. Например, если вы используете Subversion, вы можете:
svn remove default.png
чтобы удалить файл из вашей версии репозитория. Когда вы передадите свои изменения, файл будет удален в этой версии. (Он все еще будет существовать в предыдущих версиях - в этом и заключается весь смысл SCM.)
После этого вы можете создать новый файл и добавить его как в проект, так и в хранилище обычным способом.