Вы говорите, что размер файла одинаков, но как насчет содержимого?Файлы идентичны?Как вы переносите CAB на устройство вручную?Над ActiveSync / WMDC?Имейте в виду, что ActiveSync может изменить файл во время передачи, особенно если CAB подписан, а устройство не требует подписанных CAB.
См. этот вопрос SO , чтобы узнать о некоторых фоновых / похожих ситуациях.