Ваш клиент делится dll с сервисом?
Если он не делится библиотеками (dll) со службой, то внесение изменений в конце службы не будет иметь никакого значения. Ваш WCF возвращает данные, а не классы. Эти данные восстанавливаются в классы, которые создаются клиентом на основе определений в WSDL, возвращаемых вашей службой. Вы не можете управлять этими сгенерированными библиотеками (делая изменения на сервере), если вы не разделяете библиотеки между клиентом и сервером.
Если он хочет обернуть сгенерированные словари в словарь IXmlSerializable, тогда он может, или если он хочет сгенерировать словарь другого типа, то он, вероятно, может сделать это также, но я не думаю, что есть что-то, что вы можете делать на стороне сервера.