Фактором, ограничивающим скорость загрузки, почти неизбежно будет сеть, а не язык, на котором вы ее используете.
Не используйте FTP, если вы можете избежать его.
Вызов ftp-клиента из апплета, независимо от того, на каком клиенте он находится и на каком языке апплет будет работать, ему придется работать вне песочницы (что не является тривиальной проблемой). Почему это должно быть реализовано через веб-страницу?
Если у вас есть какой-либо контроль над используемым клиентом, то, вероятно, наиболее разумным решением являются веб-сокеты, но поддержка в браузерах все еще неоднозначна. Уже написано много флэш-загрузчиков - и несколько java.