Там не должно быть никакого влияния с точки зрения NHibernate, если вы правильно разделить проблемы в вашем приложении с помощью абстракций. Что касается обновления приложения ASP.NET MVC 2 до приложения ASP.NET MVC 3, вы можете выполнить этапы обновления , указанные в примечаниях к выпуску, или даже попробовать Upgrade Tool .