Я хочу, чтобы на моем сайте были хорошие URL, поэтому я добавил эту строку в .htaccess, но это вызывает бесконечный цикл.и расширение ".php", но только в ПЕРВЫЙ РАЗ, а не как какая-то рекурсивная функция.
вам не нужно передавать строку запроса, это происходит автоматически. см. документацию
кроме этого, попробуйте это
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/pages/$ RewriteRule ^(/.*)? http://www.mydomain.com/pages/$1 [L]