Меня только что укусило это, и это еще один вариант проблемы web.config
. В моем случае мы не храним файл web.config в нашем репозитории, а генерируем его из шаблона в качестве пользовательского шага сборки. Когда мы выполняли очистку рабочего пространства *, этот файл удалялся (правильно, потому что его нет в репо), и поэтому при следующем запуске Visual Studio он пожаловался. Построение командной строки через msbuild никогда не затрагивалось этим.
* У нас есть «частичная» очистка, которая удаляет все артефакты сборки (включая оставленные после VS) и «полная» очистка, которая возвращает рабочее пространство в то же состояние, как если бы вы вытащил его из репо.