Если вам нужен javascript на каждой странице, добавьте его в свой основной вид, если нет, то просто включите его в определенные файлы представления.
В контексте к codeigniter:
Я расширяю контроллер с помощью MY_Controller и инициализирую свойство как массив, который будет содержать сценарии, которые динамически добавляются в представление.
например.
var $templateData['scripts'] = array();
Затем контроллеры передают $ this-> templateData представлениям
И представления загружают дополнительные сценарии (доступные как $ scripts) в соответствии с указаниями контроллеров в теге head
Таким образом, вы даже можете избежать загрузки основного файла jquery, когда он не нужен.
Загрузка jquery.js только для контроллера, который в этом нуждается.