Существует инструмент, который будет искать mft напрямую, он называется ndff. Я использовал его раньше, и это очень быстро.
Предположительно, можно делать то, что вы хотите - есть еще один инструмент под названием "Все", который, я думаю, делает то же самое - он также использует журнал изменений USN для обновления своего индекса.