Звучит довольно больно ... вы бы запускали JVM для каждого попадания на странице.Даже не принимая во внимание проблемы безопасности, подумайте о том, какую нагрузку это будет на вашу систему.
Возможно, вам лучше использовать подходящий Java-сервер, такой как Tomcat.
где это поставить, это в основном не имеет значения.Функции PHP exec () работают на уровне файловой системы, и их не волнует корень вашего http-документа и все такое.Если у вас правильно установлены разрешения и пути, он может находиться в любом месте на вашем компьютере.