Я думаю, что iconv это ваш ответ ...
Форма man iconv:
NAME
iconv - Convert encoding of given files from one encoding to another
SYNOPSIS
iconv -f encoding -t encoding inputfile
DESCRIPTION
The iconv program converts the encoding of characters in inputfile from one coded
character set to another. The result is written to standard output unless otherwise
specified by the --output option.
.....
Так что вы могли бы сделать
find $my_base_dir -name "*.php" -o -name "*.html" -exec sh -c "( \
iconv -t ISO88592 -f UTF8 {} -o {}.iconv ; \
mv {}.iconv {} ; \
)" \;
Это рекурсивно найдет файлы с соответствующими именами и перекодирует их (временный файл необходим, так как iconv урезает вывод перед началом работы).