Вы пытались применить свой модуль к файлу onet.xml ?
в
<Project...>
<Configurations...>
<configuration...>
<Modules>
Создать элемент модуля:
<Module Name="Default"/>
Тогда в
<Project..>
<Modules>
есть что-то вроде этого для определения:
<Module Name="Default" Url="" Path="">
<File Url="default.aspx" NavBarHome="True">
</File>
</Module>
Я думаю, это, по крайней мере, поставит вас на правильный путь. Я надеюсь.