Вам необходимо указать абсолютный путь в new File
(или new FileOutputStream
, в зависимости от того, как вы находите файл результатов).
Итак, не делай
File file = new File("uploads/filename.ext");
а точнее
File file = new File("/uploads/filename.ext");
(обратите внимание на начало /
)
Таким образом, он будет храниться именно в этом месте файловой системы диска, а не относительно каталога, из которого была запущена JVM.