Насколько я знаю, компиляция с помощью mingw32 в настоящее время не поддерживается . Полагаю, это было бы технически возможно, поскольку mingw32 основан на gcc, но это было бы много работы.
Лучше всего использовать MSVC ++ (подойдет даже бесплатная экспресс-версия). ROOT builder - хороший инструмент, который использует mingw32 (но компилятор MS) и собирает ROOT для вас без необходимости использования командной строки.
Другим вариантом может быть использование cygwin, но это также не поддерживается, и, вероятно, медленнее, потому что оно вводит слой косвенности для преобразования вызовов posix в windows.
Вот несколько ссылок на дополнительную информацию:
http://www.muenster.de/~naumana/root.html
http://root.cern.ch/root/HowtoWindows.html