Я все еще думаю, что вопрос немного неясен.
Что вы хотите сделать?Вы можете создавать и читать из jar-файлов, используя JarInputStream / JarOutputStream, а также вы можете читать файлы из jar-файлов, находящихся в пути к классам, используя Class.getResourceAsStream (String name)