Нет простого способа сделать это. Вы должны прочитать весь файл, внести необходимые изменения, а затем переписать файл. Вы не можете удалить из середины файла другим способом.
В качестве незначительной оптимизации вам нужно переписать только часть файла после первой модификации. Но вы должны переписать весь после этого. Если удаленные строки находятся в конце файла, это может быть существенной оптимизацией.
По этой причине большие текстовые файлы - не лучший формат хранения, если вы хотите внести такие изменения. База данных приведет к повышению производительности.