У меня была та же ошибка, и для меня проблема заключалась в том, что проект, который я пытался переименовать, был , а не в репозитории git, то есть git видел в нем кучу неотслеживаемых файлов.
Добавление файлов в git (и фиксация) устранило проблему, я смог переименовать проект.
Похоже, Xcode 4 действительно хочет, чтобы файлы вашего проекта находились в репозитории git.