Я считаю, что единственный способ - указать их индивидуально. Если проблема в том, что у вас есть несколько общих jar-файлов в нескольких файлах JNLP. Я думаю, что вы можете создать один файл JNLP с обычными jar-файлами и связать его как расширение с конкретными JNLP-файлами, которым он нужен.