Я думаю, что проблема должна быть в ваших юнит-тестах или где-то еще.
Mage::getModel('catalog/category')
->setStoreId($store_id)
->load($id);
прекрасно работает для меня, независимо от того, использую ли я PHP * apache
, apache2handler
, cgi
,cgi-fcgi
или cli
SAPI и независимо от того, какую версию Magento (CE 1.3, 1.5, 1.6 и EE 1.11) я пробовал.