Официальные драйверы MongoDB находятся здесь:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Drivers
Кроме того, все официальные драйверы перемещаются под этим рутом в Github:
https://github.com/mongodb/
Это лучший способ получить актуальную версию драйвера. Что касается MongoDB и Ubuntu / Debian в целом - официальные пакеты доступны, как описано здесь (репозитории Ubuntu имеют очень старые версии):
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Ubuntu+and+Debian+packages
EDIT:
Драйвер, который вы упомянули, это:
https://github.com/algernon/libmongo-client
Сопровождающий водителя упоминает, что у него "немного другие" цели, чем у основного водителя, но не те, которые конкретно. Я думаю, что основным отличием является уровень обслуживания и частота обновлений:
https://github.com/algernon/libmongo-client/graphs/impact
https://github.com/mongodb/mongo-c-driver/graphs/impact
Официальный драйвер C является основой для нескольких других драйверов, он собирается получить много времени для разработчиков, быстрых исправлений ошибок, немедленной поддержки новых функций и т. Д. Драйвер libmongo-client не видел никакой активности в нескольких месяцы - я не критикую здесь, просто делаю наблюдение. Для меня это само по себе было бы веской причиной, по которой стоит использовать официальный драйвер.