Я считаю, что это ошибка. Я заметил точно такое же поведение в нескольких приложениях, над которыми я работал (на iPad и iPhone). Я воспроизвел это поведение в приложениях только с одной ориентацией. Чтобы воспроизвести, просто создайте макет сцены и добавьте элементы пользовательского интерфейса разных типов по крайней мере с одним UIStepper. Затем добавьте сцену в Nav Controller, и все элементы пользовательского интерфейса переместятся, за исключением любых UISteppers.