Я уже несколько лет вместе использую VS / SharePoint / Communicator (и Lync) и никогда не замечал этой проблемы.
Я полагаю, что это происходит из-за интеграции между Team Explorer и Communicator - если вы опустите опцию «Участники группы» в проекте, вы увидите присутствие всех пользователей, определенных для этого проекта.
Если вы не используете эту интеграцию (если честно, она никогда не добавляла мне никакой ценности), вы можете отключить ее, щелкнув правой кнопкой мыши по опции «Члены команды» и выбрав «Личные настройки». На вкладке «Общие» в области «Совместная работа» выберите «Изменить ...» и выберите «Нет» в качестве поставщика.
В противном случае, я бы предложил не слишком сложный вариант удаления и переустановки коммуникатора ...