Вы не можете использовать EJB на Tomcat (если вы не добавите OpenEJB). Если в вашем развертывании WebSphere используются EJB, вам придется удалить их для развертывания на Tomcat.
Если вы используете какие-либо функции Java EE, помимо движка сервлета / JSP и службы именования JNDI, вам придется исключить их из своего приложения.
Tomcat принимает пакеты WAR. Если вы упаковываете свое приложение в EAR в WebSphere, вам придется изменить его на WAR для Tomcat.
Оба используют JNDI для источников данных. В соглашениях об именах могут быть некоторые неприятные различия, но если вы придерживаетесь стандарта, они должны быть переносимыми.
Если вы используете какой-либо специфический для WebSphere код в своем приложении, вам придется удалить его для развертывания на Tomcat.
Если ваше приложение представляет собой сервлеты, JSP и JDBC, вы можете без проблем развернуть любое из них.