Вы можете установить таймаут аннулирования кэша для каждой сущности,
См. Аннотацию @Cache.
Вы можете использовать SessionCustomizer для перебора всех дескрипторов и установки по умолчанию для всех.
Вы также можете использовать API JpaCache во время выполнения для аннулирования всего кэша.Вы можете использовать EJB таймер для вызова этого.