Вам нужен только один файл конфигурации. Просто добавьте несколько фабрик сессий, как это:
<session-factory name="firstdatasource">
<property name="datasource">my/first/datasource</property>
<mapping resource="..."/>
..
</session-factory>
<session-factory>
<property name="datasource">seconddatasource</property>
..
</session-factory>