Это, конечно, хорошая практика для первоначального быстрого создания прототипов, но как только вы захотите иметь некоторую повторяемую настройку и, возможно, даже начальные значения в некоторых таблицах, экстернализация dbsetup будет намного лучше. Например, вы можете использовать Liquibase для этой задачи. Liquibase даже позволяет различать две версии (в основном 2 экспорта hbm2ddl).