Нет, не будет.
Javascript является языком сценариев и выполняется на стороне клиента. Браузеры имеют движки javascript, которые могут выполнять javascript, но существуют и другие движки. Ничто не мешает боту использовать браузер, такие движки или реализовывать (подмножество) один из них.
Если вы хотите заблокировать ботов, вы должны использовать капчу.