Да, вы можете сделать это. Выберите приложение, любое приложение и Показать содержимое пакета. Изучите немного, и вы увидите, что внутри находится каталог Contents / MacOS. Он будет содержать файл с установленным битом выполнения. Это может быть машинный код или любой старый скрипт со строкой #! в начале. Все, что вам нужно сделать, это продублировать структуру каталогов с помощью приложения-скелета, поместить вашу среду выполнения Mono в каталог ресурсов и написать скрипт bash, который все инициализирует. Могут быть автоматизированные утилиты для выполнения этого где-нибудь, но это довольно легко сделать вручную.
Я бы рекомендовал использовать ваш любимый инструмент сборки для автоматизации этого процесса.