Полагаю, вы хотите удалить только последнее вхождение двойной кавычки в каждой строке:
см. Тест:
kent$ cat t.txt
asdf"o"
asdfasdfsadf ix" " 000
"as;ldkfj;laskfj;lkasjdf;ljks
kent$ sed -r 's/"([^"]*$)/\1/' t.txt
asdf"o
asdfasdfsadf ix" 000
as;ldkfj;laskfj;lkasjdf;ljks