Я использовал Сфинкс и мне это нравилось. Он поддерживает как автоматическую документацию (встроенные комментарии, поддержка первого, если это ваша чашка чая), так и ручную документацию. Соберите их вместе, и вы получите небольшой пакет документов, который очень легко настроить.
Я предпочитаю нативные инструменты (Sphinx) для документации по Python, а не doxygen, что отлично подходит для документации, но может стать настоящей головной болью для некоторых языков.