Если я правильно понимаю ваш вопрос, это может вам помочь (из документации Ant FileSet):
<fileset dir="${server.src}" casesensitive="yes">
<patternset id="non.test.sources">
<include name="**/*.java"/>
<exclude name="**/*Test*"/>
</patternset>
</fileset>
Вы можете настроить его для своих нужд следующим образом:
<path id="result.path">
<fileset dir="first_dir" casesensitive="yes">
<patternset id="sub.dirs">
<include name="a"/>
<include name="b"/>
<include name="c"/>
</patternset>
</fileset>
<fileset dir="second_dir" casesensitive="yes">
<patternset refid="sub.dirs" />
</fileset>
</path>