Две базы данных одинаковы или различны?
Если то же самое, что вы можете использовать один emdx против обоих, вам просто нужно создать 2 объекта контекста базы данных с 2 разными строками соединения.
Если они отличаются от вас, нужно создать 2 разных файла emdx.