Вы можете поместить весь свой php в блок после оператора if, например:
if(isset($_POST['submit'])){ //Your update goes here }
Это гарантирует, что форма была отправлена, чтобы вы не запрашивали БД при каждом запросе. Если я вас правильно понял, вот небольшая лекция:
Javascript и HTML являются клиентскими скриптами, поэтому они запускаются в веб-браузере.
PHP является серверным языком сценариев и работает на сервере.
Из-за этого Javascript не может напрямую "общаться" с PHP, поэтому вы не можете назначить функцию PHP для события onClick, но вы можете использовать Javascript для выполнения AJAX-запроса к серверу. Если вы заинтересованы, просмотрите Интернет для этого. В Интернете есть множество учебников по PHP и AJAX.