kazanaki прав, сгенерированные java-файлы могут быть изменены, но результирующие .java-файлы заведомо грязные, большие и их трудно интерпретировать. Кроме того, вы не можете изменить некоторые вещи (как отмечено в комментариях в сгенерированном файле .java), не сделав matisse бесполезным, поскольку он ожидает, что файл будет иметь определенные свойства. При этом, если вы будете осторожны, чтобы не наступить на ноги Матисса, вы можете написать код, и это не затронет ваш код, что приятно.
Outlaw также прав, если вы измените что-либо, что уже находится в поле зрения Матисса, оно будет перезаписано. Любые изменения, которые вы делаете вне matisse, должны быть вне любого элемента, который покрывается xml, который matisse использует для генерации кода.
Я пробовал подобные вещи раньше с ограниченным успехом и в итоге просто переписал интерфейс, чтобы избежать этих сводящих с ума головных болей.