Вы всегда можете позвонить
os.system('python /path/manage.py syncdb')
Это должно запустить ваш процесс syncdb, однако, я думаю, есть лучшие способы решить эту проблему вообще без использования syncdb.
О, и вынужно будет использовать флаг, который будет отвечать у на все вопросы.