Не думаю, что для вас есть лучший вариант, если вам нужно работать с MySQL.
Я согласен с вами: MySQL Workbench обычно может вести себя намного лучше; некоторые операции просто не производят никакого вывода, оставляя вас интересующимся, что случилось. Если вы привыкли к Microsoft SQL Server, вы, скорее всего, упустите возможность выполнять несколько запросов в одном окне редактора кода, производя несколько выходных данных одновременно. На мой взгляд, это самый большой недостаток юзабилити.
Есть некоторые вещи, которые MySQL делает лучше, так что это смешанный пакет.