Лучшее решение, которое мы нашли, это использование Java Service Wrapper
Он предоставляет множество преимуществ в управлении жизненным циклом вашего сервера, включая то, что вы пытаетесь достичь, и, в частности, возможность легко зарегистрироваться в качестве службы Windows.